1.增值稅一般納稅人沒有實際收入，但有進項稅。 如果公司申請零稅率申報，則該公司未扣除的進項稅額將在到期日之后不扣除；
2.雖然可以在實現利潤后彌補虧損，但如果企業申請零稅率申報，將無法彌補，對企業產生稅收影響；
3.有收入但無應納稅額的企業，申請零稅率申報的，是虛假的稅收申報，應當承擔罰款，行政處罰等不利后果；
4.企業具有當期應納稅所得額，但申請零稅率申報是逃稅行為。 主管稅務機關將依法追征稅款并處以稅收行政處罰；
5.對公司違規的零稅申報將降低公司的信用等級，并將其納入對風險納稅人的重點監控中。
